LMS muzejs sadarbojas ar Latvijas Republikas valsts institūcijām, Eiropas Komisiju, LR Ārlietu ministriju, LR Kultūras ministriju un tās pakļautības iestādēm kā Valsts kultūrkapitāla fonds, Nacionālā kultūras mantojuma pārvalde, pašvaldībām – Rīgas domi un tās iestādēm (RD ĪD, RD IKSD, Rīgas pieminekļu aģentūra), Apes novada domi. LMS ir sadarbība ar Starptautisko Vizuālās mākslas asociāciju (IAA), Igaunijas, Lietuvas, Slovākijas, Krievijas Mākslinieku asociācijām, Latvijas Radošo savienību padomi, kā arī Piļu un muižu asociāciju, izglītības iestādēm – Latvijas Mākslas akadēmiju, Vidzemes augstskolu, Ekonomikas un kultūras augstskolu PIKC NMV Jaņa Rozentāla mākslas skolu, Gaujienas mūzikas un mākslas skolu, Baldones mākslas un mūzikas skolu u.c. organizācijām vizuālās mākslas, izglītības un kultūras jomā Latvijā un ārzemēs.